Monday, October 31, 2011

El Servicio Central de Soporte a la Investigación Experimental de la Universitat ofrece a investigadores y empresas el nuevo servicio de secuenciación masiva de ADN

La Unidad de Genómica del Servicio Central de Soporte a la Investigación Experimental (SCSIE) de la Universitat de València ha puesto en funcionamiento el nuevo laboratorio de secuenciación masiva de DNA que tiene como finalidad ofrecer servicios de secuenciación genómica y transcriptómica a todos los grupos de investigación de la Universitat de València así como de otras instituciones públicas o privadas que lo requieran. Las plataformas de secuenciación masiva están destinadas a convertirse en la tecnología dominante en el campo de la genómica por lo que van a permitir a la Universitat de València estar a la vanguardia de este tipo de investigación y disponer de la capacidad de análisis de genomas y tanscriptomas a gran escala que hasta el momento sólo estaba al alcance de los grandes centros de secuenciación.

 

El nuevo laboratorio está equipado con dos plataformas de secuenciación masiva, el equipo GS Junior (Roche) y los equipos SOLID4 y 5500XL de Life Technologies, adquiridas por la Universitat con financiación procedente de fondos FEDER y de VLC/Campus. Las dos plataformas utilizan metodologías de secuenciación diferentes,  y generan resultados distintos en cuanto a longitud de lectura y número total de secuencias obtenidas. Con la plataforma GS Junior se obtienen mediante pirosecuenciación secuencias  de 400 nucleótidos con un total de 100.000 lecturas por análisis,  mientras que con SOLID4 y 5500XL se obtienen secuencias de  50-75 nucleótidos mediante ligación de sondas fluorescentes con codificación dual. Además esta última metodología permite la obtención de un número de lecturas por análisis del orden de 1.400 millones, lo que convierte a la plataforma 5500XL en el equipamiento de secuenciación de nueva generación más avanzado del mercado siendo muy adecuada para los proyectos que requieren un análisis en profundidad del genoma o transcriptoma. 

Este elevado nivel tecnológico, así como la existencia de un equipo técnico formado por 6 personas, han permitido al SCSIE poner a disposición de la comunidad científica varias aplicaciones de secuenciación masiva y llevar a cabo todas las etapas del análisis, desde la preparación de las librerías de DNA o RNA al posterior análisis bioinformático de los datos obtenidos. 

Las aplicaciones que se ofrecen a los investigadores en la Unidad de Genómica del SCSIE son las siguientes:
Genómica: 
•    Resecuenciación dirigida de regiones del genoma: 
    o   Secuenciación de exomas completos: identificación de polimorfismos  SNPs y variantes estructurales (inserciones-delecciones, inversiones etc.).
    o   Secuenciación de regiones específicas del genoma: identificación de genes asociados a enfermedades hereditarias.
•    Secuenciación “de novo” de genomas pequeños.
•    Secuenciación de amplicones: por ejemplo genes asociados a cáncer.
•    Metagenómica: secuenciación de comunidades de microorganismos con el objetivo no sólo de obtener información de la diversidad taxonómica de la muestra sino también de datos fisiológicos de los organismos presentes mediante el estudio de sus genes.
Transcriptómica:
•    Secuenciación de transcriptoma completo: análisis de expresión de todos RNAs, codificantes y no codificantes, identificación de “splicing” alternativo, identificación de cSNPs, identificación de patrones de expresión específicos de alelo
•    Secuenciación de small RNA: obtención del perfil de miRNA de las muestras e identificación de nuevos miRNA. 

Esta metodología ha supuesto una revolución en cuanto a la capacidad de obtener información genética de un individuo o grupo de individuos y está abriendo un campo ilimitado en el ámbito de las ciencias de la vida. Además se ha convertido en una herramienta imprescindible en la investigación genética biomédica y en la práctica clínica y en el diagnóstico asistencial. 

El SCSIE es un servicio general de recursos tecnológicos cuya misión es proporcionar apoyo centralizado e integral a la investigación de la comunidad universitaria y a las empresas e instituciones públicas y privadas. Está gestionado directamente por la Universitat de València y depende funcionalmente del Vicerrectorado de Investigación y Política Científica. La unidad de Genómica del SCSIE presta sus servicios  de análisis genético y genómico a más de 100 grupos de investigación internos y externos (organismos públicos de investigación y empresas). Estos grupos trabajan en campos muy diversos y muchos de ellos ya han reorientado sus proyectos a la utilización de estas nuevas técnicas de secuenciación masiva demandando la puesta en marcha de estos equipos.

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